Menu

Le congrès de Bioinformatique du 25 septembre 2012 au Centre International de Recherche sur le Cancer (CIRC) de Lyon, organisé conjointement par les Cancéropôles CLARA, PACA et Grand-Est, a été un véritable succès.

Le congrès de Bioinformatique du 25 septembre 2012 au Centre International de Recherche sur le Cancer (CIRC) de Lyon, organisé conjointement par les Cancéropôles CLARA, PACA et Grand-Est, a été un véritable succès. Comme l’ont déjà exposé différents experts au cours d'une interview sur la bioinformatique, dont Pascal Barbry, membre du comité d’organisation scientifique du congrès, l’utilisation de la bioinformatique dans la recherche en cancérologie a littéralement explosé depuis le développement des techniques de séquençages du génome de deuxième et troisième générations, soulevant un ensemble de questionnements et de développements technologiques. Ce congrès portait en particulier sur l’utilisation et le développement des techniques d’épigénomique haut-débit en cancérologie.


Benoît Ballester, chargé de recherches à Inserm U1090 dans le groupe de Bioinformatique au TAGC (Techological Advances for Genomics and Clinics) de Marseille, a présenté un exposé intitulé «The role of regulatory variants in human and cancer genomes». Comme il le spécifie, « le congrès d’aujourd’hui est vraiment intéressant car il propose un panel divers de techniques. Hors aujourd’hui la grande problématique dans la recherche en cancérologie et en génomique reste le traitement d’un nombre immense de données très variées, qui nécessitent une véritable expertise dans l’analyse et l’utilisation d’outils bioinformatiques complexes. » Benoît Ballester met l’accent sur un aspect très important de l’épigénomique, à savoir le développement de méthodologies permettant l’analyse et l’interprétation des données de séquençage à hauts débits, qui ont fait l’objet de plusieurs sessions.

Par ailleurs, l’utilisation de l’épigénomique en cancérologie permet de comprendre les dérégulations épigénétiques sous-jacentes au développement tumoral. Comme le précise Benoît Ballester : « J’ai été très interpellé par la prestation de Christoph Bock sur l’épigénome des cancers. Je ne m’attendais pas à ce que l’épigénome varie autant entre cancers et cellules normales. Ces variabilités épigénomiques sont pertinentes car elles corrèlent avec mes travaux de recherche, qui consistent à regarder l’impact des variations somatiques dans les sites de fixation de facteurs de transcription dans les génomes de cancers ».





Christoph Bock travaille sur l’épigénomique médicale au CeMM (Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences, Vienne) depuis janvier 2012, et enseigne à l’Université Médicale de Vienne. Il dirige la plateforme de séquençage haut-débit commune à cette dernière et au CeMM. Il a présenté au congrès une communication sur « Quantitative Analysis of the Human Epigenome and its deregulation in cancer ». Il revient sur ses travaux de recherche et sur les tenants et aboutissants de l’épigénomique dans une interview exclusive. 







Interview de Christoph Bock







La compréhension des mécanismes épigénétiques pose aussi une question fondamentale : les dérégulations épigénétiques sont elles des événements secondaires aux mutations génétiques, ou bien des acteurs directs du développement tumoral ? Lors de sa présentation, Jacques van Helden, professeur à l’unité Inserm U1090 Networks Bioinformatics et à l’Université d’Aix-Marseille, a fait un tour d’horizon complet sur l’histoire, les questionnements et les besoins reliés au développement de la bioinformatique en général, et de l’épigénomique en particulier.






Interview de Jacques Van Helden







A.G

Crédit photo couverture: Christoph Bock